A Exposição Permanente do Museu apresenta aos visitantes uma caracterização geral do regime ditatorial português (1926-1974), os seus meios de opressão sobre a população (através da Censura e da ação repressiva das polícias e dos tribunais políticos), os meios de resposta das oposições, semi-legais e clandestinas, e ainda aspetos da luta anticolonial que induziu os militares ao derrube do regime por golpe militar, em 1974. No piso -1, os visitantes podem ainda ver parte das estruturas do edifício onde está alojado o Museu e uma mostra arqueológica levantada do seu subsolo.